67个y-str基因座分别为:dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710,湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4;其中,dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段,湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐,dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下),然后进行pcr扩增,获得每个基因座的特异性扩增产物。2、综合单个基因座的扩增条件,选择适宜扩增程序,湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐,进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以需要一一排除,找出这些基因座,重新设计并合成引物。此外,不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。迈杰多平台的研究优势以及多组学数据的挖掘能力,促进产学研医结合,加速项目成果转化,创新科技产品研发。湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐
降低引物的扩增效率,也需要重新设计并合成引物。3、初次复合扩增时,各个引物在反应体系中的浓度均为μm;之后对引物浓度进行调整,获得进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度。经过上述步骤,获得引物组合。引物组合由120条引物组成,用于检测68个基因座。各个基因座的名称、扩增基因座对应的引物名称和引物的核苷酸序列依次见表1中第1列、第2列和第3列。进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度见表1中第5列。表1各个基因座对应的引物在hg38人类参考基因组(hg38人类基因组的信息见网址./goldenpath/hg38/bigzips/)中的pcr扩增产物的长度和核苷酸序列详见表2。各个str基因座的pcr扩增产物的长度范围分布见图1。表2三、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒包括引物混合物;引物混合物由步骤二制备的120条引物混合而成。实施例2、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型及其应用一、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型1、dna样本准备取标准品2800m,用超纯水稀释,获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。2、pcr扩增以标准品2800m水溶液为模板,采用实施例1步骤三制备的引物混合物进行pcr扩增,得到pcr扩增产物。天津定制迈杰转化医学NGS平台来电咨询迈杰转化医学拥有3D HISTECH Pannoramic MIDI数字化病理扫描仪及91360远程病理系统。
图1为两轮多重PCR的二代测序建库过程。图2为10个样本100SNPs平均覆盖深度。具体实施方式下面结合附图和实施例,对本发明的具体实施方式作进一步描述。以下实施例*用于更加清楚地说明本发明的技术方案,而不能以此来限制本发明的保护范围。实施例1.基因组DN**段化a.打开Qsonica超声破碎仪,提前让循环水浴降温,工作温度为4℃。b.转移总量为1ug的基因组DNA到,用NucleaseFreeWater(以下称NFW)补足到100uL,震荡混匀,短时离心。c.将,旋紧中轴,插入顶盖,闭合机器,设定打断程序:振幅-25%,on&off为20s-30秒,时长15分钟。开始打断。d.打断结束后,取出,按照顺序排列整齐,开盖。实施例,先配置去除DNA之外的试剂,按照理论值的125%配,震荡混匀,短时离心,分装到96孔板中,每孔加7uL,之后从前面,盖上盖子。震荡混匀,短时离心。。设定程序:25℃30分钟、72℃15分钟、4℃保持。c.结束后,每孔中加入Ligase(单***)和1uL的Adapter,盖上新的盖子。震荡混匀,短时离心。室温下孵育20-30分钟。d.磁珠震荡30秒,充分混匀后,每一孔中加入25uL的磁珠,盖上新盖子。震荡混匀,短时离心。室温下孵育5分钟。e.将96孔板或八联管放上磁力架,等待2分钟,溶液澄清后。
本发明属于法医学技术领域,具体涉及基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒及其使用的引物组合,尤其涉及基于二代测序技术检测67个y-str基因座和amelogenin基因座的试剂盒及其使用的引物组合。背景技术:短串联重复(shorttandemrepeat,str)是由2~6bp重复单位串联组成且***存在于人类基因组中的一类具有长度多态性的dna序列,是目前法医个体识别和亲子鉴定应用*****的遗传标记。人类y染色体短串联重复(y-chromosomeshorttandemrepeats,y-str)具有父系遗传、缺乏重组、分型简单、信息量大、多态性高等特点,是研究人类的起源进化、民族差异、种族差异、群体及地区分布等的有力工具。因此,y染色体str基因座多态性研究可为法医学个体识别和亲权鉴定提供重要手段,在诸如父系家族的亲权鉴定、混合斑男性成分的检测、不同男性个体混合物的分析、追溯父系迁移历史及重构同一父系家族等方向都具有独特的应用价值。目前,荧光标记多重扩增结合毛细管电泳(fluorescentlabeledmultiplexpcr-capillaryelectrophoresis,pcr-ce)是str分型的主流技术;常用的商业化y-str分型试剂盒有y23(promega)、y(promega)、yfiler(thermofisherscientific)和yfilerplus。迈杰转化医学同时拥有符合GMP和ISO 13485的要求的GMP生产车间及仓储,可以充分满足客户的需求。
目前***使用的用于蛋白质鉴定的质谱分析主要使用两种类型质谱:一种是MALDI-TOF直接对分子量进行测量;另一种是使用ESI-MS高分辨率质谱分析电喷雾得到的多电荷信号,然后对信号进行去卷积分析,获得精确分子量数值。这两种方法各有其优点及适用的领域。百泰派克生物同时配备了这两种质谱分析系统,可用于各类蛋白质样品分子量测定,满足包括肽指纹图谱分析及蛋白质鉴定在内的多种蛋白质分子量分析需求。ESI电离喷雾测定分子量案例分析:1大于10KDa分子量的某蛋白药物精确分子量测定百泰派克通过online反相色谱分离后,直接用QExactive质谱仪对原始信号进行采集。然后使用ProMassforXcaliburTM对原始数据进行deconvolution计算,得到样品精确分子量。进入质谱之前的反相色谱分离过程中连接了紫外检测器(如下图所示),在实现对样品分离的同时,还会对样品的纯度进行评估;色谱分离的过程也降低了在精确分子量检测过程中对样品纯度的要求。利用软件对质谱原始数据进行分析时,可以根据TIC(总离子流图)分别对样品中的主要成分和次要成分的分子量进行选择和分析。例如我们对上图中红框标注的主要成分进行分子量分析,我们只需要找到该时刻得到质谱原始数据(如下图所示)。迈杰转化医学具有多年伴随诊断服务经验,获得CNAS国际实验室认可,美国CAP认证。湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐
MSH6抗体试剂 苏苏械备20180569号.湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐
1、文库把DNA样本片段化或筛分成指定长度的目标序列,再加上寡核苷酸接头(和条形码DN**段的大小是NGS文库构建的主要因素。片段化可以通过不同的方法,比如PCR扩增法。(NGS实验流程相对复杂,在过程中会应用到PCR扩增技术)),用于后续测序上机。2、读长被片段化后的DNA链长度,二代测序通常是100-200bp(bp是双链DNA碱基对单位)。3、通量一次测序上机可以运行的样本(基因)数量。4、测序深度一个基因片段被扫描的次数,测序深度深可提高低频突变检出率和检测准确率。5、全基因组测序一种生物的全部基因序列的测序,人的基因组序列约3G,基因组是一个细胞或者生物体所携带的全部遗传信息。作者:心平气和链接:源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。 湖南专业迈杰转化医学NGS平台值得推荐
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