⑦侧翼序列碱基数,各部分之间用tab键隔开。按照这种格式依次对68个基因座进行录入。68个基因座基因配置文件录入完成后,运行***。该文件给出了①基因座名称,②基因分型,③扩增子碱基数,④扩增子序列信息,⑤测序深度五个部分。根据国际法医遗传学会(internationalsocietyforforensicgenetics,isfg)发表的关于y-str基因座的str序列指南()和niststr数据库(strbase.)y染色体str情况说明对67个y-str基因座的序列构建**重复结构。实验结果见表3。结果表明,标准品2800m得到了完整的str分型,完全能够满足法医str检验的要求。表3-1注:n与其后数字表示一段碱基序列,其后数字表示序列的碱基数目。表3-2注:n与其后数字表示一段碱基序列,湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐,其后数字表示序列的碱基数目,湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐。二、采用实施例1制备的试剂盒的应用——口腔拭子样本的基因座分型样本一、样本二和样本三为3名汉族男性无关个体的口腔拭子的基因组dna,浓度均为1ng/μl。3名汉族男性均知情同意。将步骤一中的标准品2800m水溶液替换为样本一、样本二或样本三,其它步骤均不变。检测结果见表3。结果表明,样本一、样本二和样本三均获得了完整的str分型结果,湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐。迈杰转化医学具体包括全套的Leica组织样本制备系统,Ventana、Leica、DAKO等全自动免疫组化仪。湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐
pcrpurificationkit为德国qiagen公司的产品,产品目录号为y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit为thermofisher公司的产品,货号为q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit为illumina公司的产品,产品目录号为fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit为kapa公司的产品,产品目录号为kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles测序试剂为illumina公司的产品,货号为ms-102-3003。miseqfgx二代测序仪为illumina公司的产品。实施例1、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备一、68个基因座的筛选本发明的发明人通过查阅文献和现有二代测序str分型产品获得大量候选的y-str基因座,然后根据中国人群str群体遗传多态性分析结果,**终筛选获得68个基因座,包括67个y-str基因座和1个性别决定amelogenin基因座。湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐迈杰转化医学--伴随诊断整体解决方案提供者,检测技术平台全涵盖.
上述任一所述复合扩增体系还可包括进行pcr扩增反应所需的试剂。所述“进行pcr扩增反应所需的试剂”不包括pcr扩增反应所需的引物。上述任一所述复合扩增体系可为20μl,由10μl2×mastermix、上述任一所述引物组合和模板组成。2×mastermix具体可为德国qiagen公司的产品。所述模板具体可为浓度为1ng/μl的标准品2800m的水溶液或样品的基因组dna。所述样品可为人口腔拭子。所述标准品2800m具体可为promega公司的产品,产品目录号为dd7251。含有上述任一所述引物组合的试剂盒也属于本发明的保护范围;所述试剂盒的用途可为(h1)-(h5)中的至少一种:(h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)个体识别;(h4)亲权鉴定;(h5)种族推断。本发明还保护上述任一所述复合扩增体系或上述任一所述试剂盒的制备方法;该制备方法包括将上述任一所述引物组合中的各条引物单独包装的步骤。本发明还保护上述任一所述引物组合或上述任一所述复合扩增体系在制备试剂盒中的应用;所述试剂盒的用途可为(h1)-(h5)中的至少一种:。
室温孵育1分钟。e.孔板再次放上磁力架,等待2分钟,溶液澄清后,转移上清到新的孔板中。三、第二轮多重PCRa.第二轮特异性引物是普通的PCR扩增引物,在其5’端加上测序接头5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80个左右的碱基,其中根据目标区域设计得到的序列长度是20个碱基左右,Tm值设定在60℃,多个引物混成一个IP引物池做为第二轮PCR的上游引物。P7的序列:5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG-3’。配置PCR总体系,按照理论值的125%配制,震荡混匀,短时离心。b.孔板放入PCR仪中,选择MAPlex-2nd程序运行2个小时。四、PCR产物纯化步骤同二,做两次纯化,彻底去除引物二聚体。***次使用28uL的磁珠纯化,用20uL的NFW洗脱;第二次用20uL的磁珠纯化,用25uL的NFW洗脱。五、电泳鉴定每个样品取5uL,进行%的琼脂糖电泳,观察是否有条带,以及条带长度是否在300-400bp之间。实施例5.文库定量与混合a.将标准品、荧光定量试剂、引物从-20℃取出放置于冰上融化。b.样品稀释10000倍,分两次梯度稀释。***次取文库原液2uL,加入198uL的NFW,振荡混匀或者用***吹打混匀,短时离心。再从中取出10uL,加入990uLNFW,振荡混匀或者用***吹打混匀,短时离心。迈杰多平台的研究优势以及多组学数据的挖掘能力,促进产学研医结合,加速项目成果转化,创新科技产品研发。
本发明涉及生物技术领域,特别涉及二代测序文库构建技术。背景技术:二代测序由于其超高的测序能力在科研和临床中具有极为重要的应用。二代测序技术也称深度测序、大规模平行测序,**思想是边合成边测序(SequencingbySynthesis),即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列,现有的技术平台主要有Roche/454FLX、Illumina/SolexaGenomeAnalyzer和AppliedBiosystemsSOLIDsystem。这三个技术平台各有优点,454FLX的测序片段比较长,高质量的读长能达到400bp;Solexa测序性价比**高,不*机器的售价比其他两种低,而且运行成本也低,在数据量相同的情况下,成本只有454测序的1/10;SOLID测序的准确度高,原始碱基数据的准确度大于%,而在15×覆盖率时的准确度可以达到%。Illumina/SolexaGenomeAnalyzer测序的基本原理是边合成变测序。在Sanger等测序方法的基础上,通过技术创新,用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP,当DNA聚合酶合成互补链时,每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光,根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理,从而获得待测DNA的序列信息。二代测序的一般流程如下:1)文库制备,将DNA用雾化或超声波随机片段化成几百碱基或更短的小片段。迈杰转化医学提供完整的多平台多组学服务,打造流程化yao企业合作。湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐
MSH6抗体试剂 苏苏械备20180569号.湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐
thermofisherscientific)等。研究发现,基于pcr-ce分型时,相同片段长度的等位基因中存在重复区域序列结构不一致的情况。二代测序技术(secondgenerationsequencing,sgs)又称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing,ngs),具有测序通量高、速度快的优点。ngs不仅能从长度多态性上对str基因座进行分析,还能从序列上发掘str基因座的遗传多态性。随着ngs测序成本越来越低、测序读长逐渐的增加,ngs对str分型技术也越来越成熟。近年来,ngs技术已经应用于法医学str分型研究。相比于pcr-ce分型,ngs技术在y-str基因座的分析中具有很多优势:1、样本输入量低,使得微量样本及降解样本检材的分型研究变为可能;2、准确性高,能够全部覆盖基因座的每个碱基并通过产出高测序深度保证y-str基因座各等位基因的高概率精确判断的严谨性;3、能够获得y-str等位基因间的核苷酸差异信息,由于**重复结构存在差异或扩增区段内存在变异(侧翼序列的碱基突变或插入缺失),序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因,这种y-str序列多态性是个体识别分析的宝贵资源;4、成本低,通过对每个样本检材添加标签一次可以同时对多个样本进行平行测序。 湖南组织标本迈杰转化医学NGS平台值得推荐
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