本发明属于法医学技术领域,具体涉及基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒及其使用的引物组合,尤其涉及基于二代测序技术检测67个y-str基因座和amelogenin基因座的试剂盒及其使用的引物组合。背景技术:短串联重复(shorttandemrepeat,str)是由2~6bp重复单位串联组成且***存在于人类基因组中的一类具有长度多态性的dna序列,是目前法医个体识别和亲子鉴定应用*****的遗传标记。人类y染色体短串联重复(y-chromosomeshorttandemrepeats,y-str)具有父系遗传、缺乏重组、分型简单、信息量大、多态性高等特点,是研究人类的起源进化、民族差异、种族差异、群体及地区分布等的有力工具。因此,y染色体str基因座多态性研究可为法医学个体识别和亲权鉴定提供重要手段,山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上,在诸如父系家族的亲权鉴定、混合斑男性成分的检测、不同男性个体混合物的分析、追溯父系迁移历史及重构同一父系家族等方向都具有独特的应用价值。目前,荧光标记多重扩增结合毛细管电泳(fluorescentlabeledmultiplexpcr-capillaryelectrophoresis,山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上,pcr-ce)是str分型的主流技术;常用的商业化y-str分型试剂盒有y23(promega)、y(promega)、yfiler(thermofisherscientific)和yfilerplus。迈杰转化医学可以提供覆盖肺ai、肠ai、肝ai、胃ai,山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上、乳腺ai、前列腺ai等多种实体瘤的上百项检测项目。山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上
下游的引物IP用于第二轮多重PCR。具体的建库过程是:步骤1,将样本DNA进行片段化处理,随后每个片段两端加上特殊的接头;步骤2,加入***轮扩增的上游引物混合池,与特殊接头互补的通用引物,配制成PCR总体系,进行***轮扩增;步骤3,将***轮PCR产物纯化后,加入第二轮扩增的下游引物混合池,与第二步中使用过的特殊接头互补的通用引物配制成PCR总体系,进行第二轮扩增;步骤4,将第二轮PCR产物纯化后,配置反应总体系,进行Q-PCR定量,稀释到合适的浓度,即可用于二代测序。上述技术方案中,作为推荐,步骤2中,***轮特异性引物是普通的PCR扩增引物,共20个左右的碱基,Tm值设定在60℃,序列根据目标区域设计得到,多个引物混成一个OP引物池做为***轮PCR的上游引物。PCR总体系为:2倍PCRMix35uL,10umol/LP71uL,1umol/LOP1uL或OP2uL,DNA25uL。上述技术方案中,作为推荐,步骤3中,第二轮特异性引物是普通的PCR扩增引物,在其5’端加上测序接头5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80个左右的碱基,其中根据目标区域设计得到的序列长度是20个碱基左右,Tm值设定在60℃,多个引物混成一个IP引物池做为第二轮PCR的上游引物。安徽专注迈杰转化医学NGS平台服务至上迈杰转化医学获得了欧盟ISO 13485质量认证并通过了国家医疗器械GMP稽查。
02FGFR通路的异常调控FGF/FGFR通路的异常调控由多种因素介导,包括:基因改变(扩增、突变和染色体易位);自分泌和旁分泌信号;血管生成以及上皮间质转化(EMT),进而促进细胞增殖、上皮间质转化和血管生成,并推动**的发***展、侵袭、转移等(图2),其中主要的三种调控途径为:a.FGFR基因扩增导致的蛋白过表达;b.***性突变,该突变通常会导致配体亲和力的提高或受体二聚化的增加及活化(配体不存在的情况下),或激酶结构域的组成性***;c.由染色体易位导致的基因融合。图2FGFR异常调控的致*机制[5]图2FGFR异常调控的致*机制[5]03FGFR异常形式以及在不同**中的分布FGFR常见变异形式包括基因扩增/过表达、***突变、基因融合等,此外还有重排、激酶结构域重复及自分泌***等。FGFR的异常表达已在多种实体瘤肿中检测到,如过表达常发生在肺*、脑*、头颈*、前列腺*等,融合常发生在骨髓增生综合征、T细胞淋巴瘤、膀胱*和肝内胆管*等(表1)。
一、测序策略:DNA样本检测:检测DNA样本的完整性、浓度和纯度等;文库构建:DNA样本检测合格后,将基因组DNA随机打断成300-500bp大小,DNA末端连接接头,纯化连接产物,PCR扩增,完成文库构建,文库构建后进行质检;上机测序:文库质检合格后,上机测序。二、样本要求:请老师自行提取DNA或cDNA,干冰送样。DNA样本要求:DNA浓度≥50ng/ul,总量≥3ug;OD260/280在,无RNA、蛋白质等杂质污染,无降解。三、分析内容:原始测序数据说明原始测序数据质控原始测序数据质量剪切及统计物种注释及丰度分析物种注释基本步骤物种丰度分析物种多样性分析物种***性差异分析四、报告模板:查看完整的宏病毒组结题报告模板请点击:Seqmore_宏病毒测序分析结题报告.pdf。迈杰转化医学利用数字PCR进行低丰度突变研究等;提供循环肿l瘤DNA检测,可检测EGFR、ERBB2等Biomarker。
迈杰转化医学NGS平台现有IlluminaNovaSeq6000、NextSeq500、Miniseq测序仪及QiagenGenereader等一站式临床诊断测序平台,目前已建立的常规检测能力包括WGS、WES、mRNA-Seq,lncRNA-Seq,miRNA-Seq,靶向富集测序,单细胞基因组/转录组测序,免疫组库测序、慢病毒插入位点检测等。平台多次满分通过国家卫生部临检中心(NCCL)及美国病理学家协会(CAP)组织的室间质评与能力认证;已完成20+方法学开发与验证,支持40多个临床实验,完成了数千例余例样本的检测。6、全外显子组测序一种生物的外显子序列的测序,外显子测序需要将全基因组外显子区域DNA捕获并富集后进行测序;人的外显子序列只占全部基因序列的1%,约30MB,是基因组的编码序列;相对于基因组测序分析的信息量小,成本较低。7、转录组测序细胞内转录产物RNA的测序,广义上包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义指所有mRNA的**。8、靶向测序作者:心平气和链接:源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。 使用北欧免疫组化质控中心NordiQC推荐的IHC抗体组合。北京专注迈杰转化医学NGS平台推荐咨询
迈杰多平台的研究优势以及多组学数据的挖掘能力,促进产学研医结合,加速项目成果转化,创新科技产品研发。山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上
1、文库把DNA样本片段化或筛分成指定长度的目标序列,再加上寡核苷酸接头(和条形码DN**段的大小是NGS文库构建的主要因素。片段化可以通过不同的方法,比如PCR扩增法。(NGS实验流程相对复杂,在过程中会应用到PCR扩增技术)),用于后续测序上机。2、读长被片段化后的DNA链长度,二代测序通常是100-200bp(bp是双链DNA碱基对单位)。3、通量一次测序上机可以运行的样本(基因)数量。4、测序深度一个基因片段被扫描的次数,测序深度深可提高低频突变检出率和检测准确率。5、全基因组测序一种生物的全部基因序列的测序,人的基因组序列约3G,基因组是一个细胞或者生物体所携带的全部遗传信息。作者:心平气和链接:源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。 山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上
迈杰转化医学中心实验室建立了覆盖全平台检测业务的中心实验室,具备STARLIMS系统,用于样本/数据管理,能够提供分子检测、病理检测、蛋白检测、生物大分子检测以及流式和细胞检测等全平台的服务。已经获的CNAS ISO 17025的认证、美国病理学家协会CAP认证证书,并多次通过NCCL室间质评/CAP PT认证,可以提供高质量的服务,同时建立了样本接收和生物样本库,可以满足各类温度要求的样本保存,满足中心实验室的要求。
按照CNAS、ISO 15189和临检要求,建立的临床检测实验室。可进行泛实体ai、肺ai、胃ai等ai种的检测,2018年12月取得临床基因扩增检验实验室技术审核验收合格证书。
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